In de jaren na het aantreden van Frits Bolkestein in april 1990 als voorzitter van de Tweede Kamerfractie en daarmee als partijleider, als opvolger van Joris Voorhoeve, maakte de VVD een enorme electorale come-back. De partij profiteerde van de liberale, individualistische tijdgeest die na de ondergang van het communisme in Oost-Europa en de Sovjet-Unie over het Westen vaardig was geworden. Daarnaast kon de VVD zich scherp profileren in de oppositie tegen het derde kabinet-Lubbers van CDA en PvdA (1989-1994). Bolkestein ontpopte zich als stemmentrekker van formaat, hoewel hij een wat vormelijke en gereserveerde persoon was en een uitgesproken ideologisch politicus, veel meer dan men van een liberaal zou verwachten. Zijn electorale aantrekkingskracht school vooral in zijn bereidheid de confrontatie te zoeken en politiek gevoelige onderwerpen aan te kaarten, zoals de gebrekkige integratie van minderheden.
Bij de Provinciale Statenverkiezingen van 6 maart 1991 boekte de VVD vergeleken met 1987 een zeer bescheiden winst. Die werd evenwel groot gevierd, omdat de partij voor het eerst sinds 1982 weer in de lift zat. Daarna ging het crescendo. Bij de Tweede Kamerverkiezingen op 3 mei 1994 behaalde de VVD twintig procent van de stemmen. In de aanloop naar deze verkiezingen was door een aantal Kamercentralevoorzitters gezinspeeld op een mogelijke terugkeer van oud-partijleider Hans Wiegel. Hoewel die hiervoor wel leek te voelen, kwam er uiteindelijk niets van terecht: Bolkestein zou dat hebben geblokkeerd. Bij de Provinciale Statenverkiezingen een jaar later behaalde de VVD onder diens leiding voor het eerst de meeste zetels, waarna zij in de Eerste Kamer de grootste fractie werd. Bij de Tweede Kamerverkiezingen op 6 mei 1998 kwam de partij uit op bijna een kwart van de stemmen – meer dan ooit tevoren.
Inmiddels was de VVD na vijf jaar oppositie weer tot de regering toegetreden. Samen met de vroegere politieke aartsvijand PvdA en D66 maakte de partij sinds 1994 deel uit van de ‘paarse coalitie’, hoewel oud-partijleider Wiegel samenwerking met de sociaaldemocraten had ontraden. Voor het eerst sinds 1918 werd er een regering gevormd zonder het CDA of zijn confessionele voorlopers. Partijleider Bolkestein trad niet tot dit eerste kabinet-Kok toe; evenals Pieter Oud en Ed Nijpels voor hem bleef hij voorzitter van de Tweede Kamerfractie. Van Nijpels’ strategisch monisme’ was hij overigens niet gediend; hij sprak zelf van ‘beheerst dualisme’. Op deze wijze verschafte Bolkestein zich de ruimte om in de Kamer van het kabinetsbeleid afwijkende opvattingen te vertolken. Deze positie als ‘buitenboordmotor’ zou nogal eens tot wrevel leiden bij beide coalitiepartners. In het eerste paarse kabinet werd Hans Dijkstal vice-premier en minister van Binnenlandse Zaken; oud-partijleider Voorhoeve minister van Defensie.
Bij de Tweede Kamerverkiezingen van 1998 werd de VVD met 38 zetels de op één na grootste partij in de Tweede Kamer. Kort na de formatie van het tweede kabinet-Kok trad Bolkestein af als fractievoorzitter, na acht jaar de partij te hebben geleid – langer dan zijn voorgangers, op partijoprichter Oud na. Hij werd opgevolgd door Dijkstal; een jaar later verliet Bolkestein de Tweede Kamer en werd hij lid van de Europese Commissie.
