De strijd tussen Mark Rutte en Rita Verdonk in het voorjaar van 2006 om het lijsttrekkerschap van de VVD had in de partij diepe sporen achtergelaten. Dat kwam ook door wat sommige ‘prominente partijleden’ publiekelijk over Verdonk hadden gezegd. De evaluatiecommissie onder leiding van oud-minister Sybilla Dekker, die was ingesteld om het verlies van de VVD bij de Tweede Kamerverkiezingen in november te onderzoeken, oordeelde in haar rapport streng over de ‘negatieve uitingen’. Deze zouden hebben bijgedragen aan de verdeeldheid en het ‘verlies aan stijl en respect in de partij’. De commissie bracht deze uitspraken in verband met een houding van ‘wij liberalen zijn vooral vrij om veel, zo niet alles te zeggen’. De prominenten hadden echter een voorbeeldfunctie met hun vermogen ‘om de onderlinge verbondenheid te versterken’. Partijvoorzitter Jan van Zanen was het hiermee roerend eens: de prominenten hadden het recht op hun mening, ‘maar daarbij gelden wel loyaliteit aan de partij en fatsoensnormen’. Het hoofdbestuur stelde vervolgens een vijftal gedragsregels op onder de naam ‘Stijl en Respect’. Wanneer een partijlid zich daar niet aan hield, zou dat uiteindelijk kunnen worden geroyeerd. Dat ging de algemene vergadering van 15 september 2007 te ver: zij sprak zich uit voor ‘omgangsvormen die getuigen van openheid en wederzijds respect’, zonder in bijzonderheden te treden.
Vanwege de polarisatie tijdens de campagne voor de lijsttrekkersverkiezingen pleitte de commissie-Dekker voor een actieve en sturende rol van het hoofdbestuur. ‘Eenheid en consistentie in de partij dient [sic] door het Hoofdbestuur te worden bewaakt ..., waarbij de voorzitter en partijleider ·als sterk team opereren. Het Hoofdbestuur bewaakt de checks and balances in de partij’. De ‘strakke regie’ waarom de commissie vroeg, zou in de VVD te ver zijn doorgevoerd, meenden sommigen. Toen Henry Keizer als hoofdbestuurskandidaat door de algemene vergadering van 13 en 14 juni 2014 tot partijvoorzitter werd verkozen, lieten de beide tegenkandidaten zich kritisch uit over de partijtop, die met succes een ledenreferendum zou hebben weten te voorkomen. De VVD was volgens hen een ‘applausmachine’ geworden die teveel de rijen gesloten wilde houden. De voormalige fractiesecretaris Ton Elias, die bij de Tweede Kamerverkiezingen van 2017 tegen zijn zin niet meer was gekandideerd, sprak van controledwang en een ‘ja-en-amencultuur’ in de VVD. Hoofd voorlichting van de VVD Henri Kruithof gaf bij zijn vertrek in 2015 toe dat hij de Tweede Kamerfractie ‘aan een strak regime had onderworpen’.
In deze periode kwam binnen de VVD het thema integriteit hoog op de agenda te staan. Een aantal prominente partijleden op lokaal, provinciaal en nationaal niveau waren om uiteenlopende redenen in opspraak gekomen. Zo werden de Noord-Hollandse gedeputeerde Ton Hooijmaijers en de Roermondse wethouder en senator Jos van Rey veroordeeld wegens corruptie. Laatstgenoemde ging daartegen in cassatie bij de Hoge Raad. Op de algemene vergadering van 24 en 25 mei 2013 stelde partijleider Mark Rutte dat de VVD als grootste partij ‘niet langer de norm kan volgen, maar moet leiden, ook in bestuurlijke integriteit’. Een Permanente Commissie Integriteit kreeg als taak ‘het integriteitsbewustzijn binnen de partij te vergroten’ en het onderzoeken van meldingen van (vermeende) integriteitsschendingen. Ook kwamen er regionale en landelijke vertrouwenspersonen, die als ‘aanspreekpunt’ moesten fungeren en werden er Vuistregels integriteit opgesteld voor de VVD-kandidaten voor bestuurlijke en vertegenwoordigende functies. In 2017 werd partijvoorzitter Keizer ervan beschuldigd dat hij zich zou hebben verrijkt bij de aankoop van een uitvaartbedrijf. Hij vroeg de Integriteitscommissie een onderzoek in te stellen en legde zijn functie neer. Op de algemene vergadering van 25 november 2017 trad Christianne van der Wal aan als zijn opvolger. Ook zij had integriteit hoog in haar vaandel staan. Zo wilde ze dat de partij twee keer per jaar zou gaan discussiëren over 'integriteitsdilemma's'.
Vanaf 2018 organiseerde de VVD een festival in plaats van een congres. De eerste editie vond plaats in Den Bosch. Naast workshops, presentaties en discussies was de Algemene Ledenvergadering (ALV) onderdeel van het programma. Het festivalkarakter zat hem in de livemuziek, een optreden van een cabaretier (‘Stand Up Politics’) en een pubquiz. Op het programma van het tweede festival in 2019 stond naast de ALV onder meer een debatwedstrijd, een spelshow (‘Ranking the Politicians’), een vragenuurtje met Tweede Kamerleden en een ‘feestavond’.
De coronapandemie noodzaakte de VVD om in 2020 en 2021 een versneld digitaliseringsproces in gang te zetten. Vanwege de restricties was het voor medewerkers van het partijbureau niet meer mogelijk om (volledig) op kantoor te werken. De meeste fysieke activiteiten werden vervangen door online bijeenkomsten, zoals de Algemene Ledenvergadering en het welkomstevenement voor nieuwe leden (het zogeheten ‘Bakkie (Doen)’). Daarentegen vervielen de VVD-festivals in 2020 en 2021 volledig.
