Het programma voor de Tweede Kamerverkiezingen van 15 mei 2002, getiteld Ruimte, respect en vooruitgang, behoorde met ruim 19.000 woorden tot de langere van de VVD. De partij wilde voor bijna veertien miljard gulden de belastingen verlagen ‘om de vrije, zelf-kiezende burger meer ruimte te geven’. Zo moest de Onroerende Zaakbelasting (OZB) voor burgers en bedrijven worden afgeschaft en het toptarief in de inkomstenbelasting verlaagd van 52% naar 49%. Verder diende de toegang tot de arbeidsongeschiktheidsverzekering (WAO) te worden beperkt. Ook wilde de VVD de collectieve arbeidsovereenkomsten niet langer algemeen verbindend verklaren. Een deel van de partijraad in november 2001 had bezwaren tegen de afschaffing van de OZB, omdat dit de autonomie van gemeenten zou verminderen. Het voorstel kreeg echter voldoende steun van de algemene vergadering in januari 2002, dat het programma vaststelde. Ook besloten de afgevaardigden dat het vluchtelingenbeleid aan te scherpen.
Bij de vervroegde Kamerverkiezingen van 22 januari 2003 had de VVD een kort verkiezingsprogramma opgesteld, De VVD maakt werk van Nederland geheten. Het bevatte zeven kernpunten, waaronder een gezonde economie, degelijke overheidsfinanciën, veiligheid, en beperking van immigratie en meer integratie.
Bij het referendum in 2005 over het Europees grondwettelijk verdrag bleek dat er een aanzienlijke tegenstelling bestond tussen de Tweede Kamerfractie van de VVD en haar kiezers. Bijna de helft van hen wees de grondwet af. De fractie had er wel mee ingestemd, onder meer omdat de nationale parlementen meer invloed zouden krijgen op het Europees beleid.
In het kader van de partijvernieuwing had een door Jan van Zanen geleide partijcommissie in 2003 voorgesteld het in 1981 vastgestelde Liberaal Manifest te actualiseren. In 2005 bracht een commissie onder voorzitterschap van de burgemeester van Leeuwarden Geert Dales een ontwerp uit, getiteld Om de vrijheid. Een Liberaal Manifest. Het legde nadruk op vrijheid en veiligheid. De staat zou zich op economisch gebied moeten beperken tot de rollen van (regelgevende) ‘marktmeester’ en (voorwaardenscheppende) ‘terreinknecht’ en zo min mogelijk als ‘medespeler’ optreden. Nationale trots mocht meer nadruk krijgen in het onderwijs.
Verder bevatte het ontwerp ook vergaande voorstellen voor de versterking van de democratie. De directe verkiezing van de burgemeester kwam niet als een verrassing, aangezien in 2002 een commissie onder leiding van de Rotterdamse burgemeester Ivo Opstelten het rapport Naar een nieuwe ambtsketen van de burgemeester? had uitgebracht, waarin werd aanbevolen de burgemeester rechtstreeks door de bevolking te laten kiezen. De commissie had hiermee gebroken met een traditie, aangezien de VVD tot dan toe altijd de benoeming van burgemeesters had verdedigd. De algemene vergadering van 30 november 2002 had dan ook haar bedenkingen, maar stemde op 29 november 2003, nadat de commissie haar voorstel nader had uitgewerkt, er toch mee in.
Onverwachter in het ontwerp-Liberaal Manifest was het voorstel van de gekozen formateur (en daarmee hoogstwaarschijnlijk de minister-president). De algemene ledenvergadering wees in mei 2005 dit idee af, maar stemde vervolgens wel met een nipte meerderheid in met de rechtstreeks gekozen minister-president. Verder gingen de leden ook akkoord met de invoering van het referendum (zij het met de nodige voorzichtigheid). Het Liberaal Manifest zou na een paar jaar worden opgevolgd door een nieuwe beginselverklaring.
