In de jaren negentig discussieerde de VVD veelvuldig over haar inhoudelijke opstelling. Bevordering van het interne debat werd door de partijleiding gezien als een manier om de partij weer uit het slop te krijgen. Op de programmatische koers van de VVD zou partijleider Frits Bolkestein al snel zijn stempel drukken. Hij zette gevoelige kwesties op de politieke agenda, zoals ontwikkelingssamenwerking, het integratievraagstuk en de Europese samenwerking: de VVD zou zich op deze terreinen kritischer moeten opstellen.
In november 1990 presenteerde een commissie onder leiding van oud-europarlementariër Hans Nord de nota Ongebroken lijnen: een liberaal perspectief. Het initiatief stamde nog uit de tijd voordat Bolkestein als partijleider was aangetreden. De commissie wilde liberale antwoorden formuleren op actuele maatschappelijke vraagstukken. In de ondergang van het communisme in Oost-Europa zag zij het bewijs van de liberale stelling dat vrijheid ondeelbaar is: ‘(individuele) politieke en economische vrijheid gaan hand in hand’. Het rapport werd in april 1991 vastgesteld op twee algemene vergaderingen en diende als uitgangspunt voor het programma voor de Tweede Kamerverkiezingen van 1994.
Partijvoorzitter Dian van Leeuwen-Schut had aangekondigd dat de VVD een kort verkiezingsprogram voor de periode 1994-1998 zou opstellen, in plaats van de ‘standpunten-encyclopedie’ van vroeger. De partij kwam inderdaad met een beknopt ‘kernprogram’ van tien punten, zij het met een uitgebreide toelichting. Het programma telde al met al bijna 9000 woorden; dat voor de Tweede Kamerverkiezingen van 1998 ruim 15.000. Het eerstgenoemde programma was opgesteld door een commissie onder leiding van David Luteijn, fractievoorzitter in de Eerste Kamer; een commissie die werd voorgezeten door de voormalige staatssecretaris Robin Linschoten bereidde het tweede voor.
In beide programma’s was de invloed van Bolkestein zichtbaar. De VVD was duidelijk minder positief over Europa geworden. ‘De Europese Unie moet niet te veel willen’, aldus het program van 1994; vier jaar later vond de partij dat bij de Europese integratie ‘rekening moet worden gehouden met nationale gevoelens en belangen’. Ook stelde de VVD in 1998 een ‘netto-begrenzer’ voor, die ertoe moest leiden dat Nederland financieel minder aan de Europese Unie zou hoeven af te dragen. In dat programma werd tevens gepleit voor verlaging van de ontwikkelingshulp. Verder scherpte de VVD overeenkomstig Bolkesteins opvattingen het migrantenbeleid aan: de partij wilde ‘inburgeringscontracten’, met onder meer de verplichting om Nederlands te leren. Daarnaast wenste de VVD in 1994 twintig miljard gulden te bezuinigen op de overheidsuitgaven en in 1998 dertien miljard. De partij wilde een ‘basisstelsel’ voor de sociale zekerheid, waarbij de uitkeringen zouden worden verlaagd. Het voorstel in 1998 om ook het minimumloon te verlagen haalde het programma – in tegenstelling tot 1994 – niet, omdat men vreesde dat dit het sociale gezicht van de partij zouden schaden.
Tussen de beide verkiezingsprogramma’s in stelde het hoofdbestuur in april 1996 de commissie ‘Liberalisme 21ste eeuw’ in, geleid door Ivo Opstelten, burgemeester van Utrecht. De commissie diende 'liberale antwoorden te formuleren op de vragen die de maatschappelijke ontwikkelingen oproepen'. Al in december verscheen haar rapport onder de titel Vrij en verantwoordelijk: een liberaal toekomstperspectief. De commissie zag in nieuwe maatschappelijke ontwikkelingen als individualisering, mondialisering en de technologische revolutie geen aanleiding de liberale beginselen aan te passen. Wel erkende ze dat in een tijd van individualisering het belang van verantwoordelijk burgerschap extra onderstreept moest worden.
