In organisatorisch opzicht was de VVD een regelrechte voortzetting van de PvdV. De partijorganisatie en het algemeen reglement – de PvdV kende geen statuten – werden op enkele kleine aanpassingen na ongewijzigd overgenomen. Op 31 maart en 1 april 1950 stelde de algemene vergadering van de VVD de statuten vast. De basiseenheden vormden de afdelingen, die deel uitmaakten van grotere organisatorische verbanden die vanaf 1955 statencentrales en kamercentrales heetten.
De kamercentrales speelden in de partijorganisatie een rol van betekenis, vooral in de kandidaatstellingsprocedure voor de Tweede Kamerverkiezingen. Doordat twee vertegenwoordigers van elke kamercentrale samen met het hoofdbestuur en de leden van de Eerste en Tweede Kamerfractie zitting hadden in de partijraad, vormden de kamercentrales een belangrijke schakel tussen de partijtop en de achterban. Organisatorisch was de partijraad van ondergeschikt belang: zij had slechts een adviserende taak.
De algemene leiding van de VVD berustte bij het hoofdbestuur. Maximaal drie leden van de Staten-Generaal mochten daarin vertegenwoordigd zijn. De zeven leden van het dagelijks bestuur werden door de algemene vergadering gekozen, waarvan de voorzitter, ondervoorzitter en penningmeester in functie. Het hoofdbestuur benoemde aanvankelijk de (bezoldigde) partijsecretaris. Vanaf 1955 kon het ook uit zijn midden een (honorair) secretaris aanwijzen, die dan deel bleef uitmaken van het dagelijks bestuur.
Het hoogste orgaan van de VVD was de algemene vergadering, die bestond uit afdelingsafgevaardigden. Minstens één keer per jaar kwam deze bijeen. Zij wees de leden van het hoofdbestuur aan, stippelde de partijlijn uit, stelde de statuten vast, had formeel het laatste woord bij de kandidaatstelling voor de Tweede Kamer en bij de vaststelling van het beginsel- en verkiezingsprogramma.
In de loop van 1948 werd de organisatorische uitbouw van de VVD ter hand genomen. Verschillende neveninstellingen werden opgericht, die vrijwel alle – overeenkomstig de liberale traditie – formeel onafhankelijk waren. Uitzondering was de organisatie
Vrouwen in de VVD, waarvan alle vrouwelijke partijleden automatisch lid waren en die eigenlijk onder toezicht stond van het hoofdbestuur. De Vereniging van Staten- en Raadsleden van de PvdV werd omgezet in een vereniging van de VVD; zij moest de liberale vertegenwoordigers in gemeenteraden en Provinciale Staten bijstaan. In februari 1949 werd de Jongeren Organisatie Vrijheid en Democratie (JOVD) opgericht. In 1953 kwam het wetenschappelijk bureau tot stand. De Prof. Mr. B.M. Teldersstichting, die formeel geen banden met de VVD onderhield, verrichtte vanuit liberale optiek politiek-wetenschappelijk onderzoek. In 1955 verscheen voor het eerst het blad Liberaal Reveil – aanvankelijk uitgegeven door een gelijknamige stichting, vanaf 1962 samen met de Teldersstichting. Zo was de VVD na de oprichting in 1948 gaandeweg de spil geworden van een liberaal organisatorisch netwerk. De neveninstellingen waren bijna allemaal autonoom, maar oriënteerden zich wel op de partij.
Aan het begin van de jaren zestig rommelde het in de VVD, onder meer vanwege de electorale achteruitgang en de overheersende positie van partijleider Pieter Oud. In dit interne tumult wisten de kamercentrales hun positie te versterken. In 1962 kregen zij een vaste plaats in het hoofdbestuur. Hun voorzitters – later door de media ‘partijbaronnen’ genoemd – zouden lange tijd een soort schaduwmacht in de VVD vormen.
