Met het vertrek van Pieter Oud werd de VVD grondig gereorganiseerd. Op 29 en 30 maart 1963 besloot de algemene vergadering de politieke en organisatorische leiding van de partij te scheiden, waarmee de personele unies van zowel Oud (voorzitter van de partij en de Tweede Kamerfractie) als Harm van Riel (ondervoorzitter van de partij en voorzitter van de Eerste Kamerfractie) werden uitgesloten. De voorzitters van de beide Kamerfracties maakten niet langer niet uit van het dagelijks bestuur, maar wel – als adviserende leden – van het hoofdbestuur.
Daarnaast voerde de partij een leeftijdsgrens in van 70 jaar voor alle bestuursfuncties. Verder werd de band tussen hoofdbestuur en kamercentrales verstevigd. Deze regionale partijorganisaties waren tot dan toe formeel niet in het hoofdbestuur vertegenwoordigd, maar kregen nu een vaste plaats.
In 1965 werd de positie van de partijraad versterkt. Tot dan toe had dit orgaan niet zoveel betekenis had gehad. Het hoofdbestuur zou voortaan vijftien leden benoemen die geacht werden de verschillende geledingen en stromingen in de partij te vertegenwoordigen. Daarnaast zou elke kamercentrale twee leden afvaardigen, onder wie haar voorzitter. Zo trachtte men het informele overleg tussen partijbestuur en kamercentralevoorzitters te formaliseren. De algemene vergaderingen werden in 1968 formeel openbaar.
